维持世界的四粒水晶失去光芒，令世界陷入一片混乱之中，在elia城出现了四位光之战士（玩家），他们手上持着水晶，救了被garland拐走的sara公主，打败在世界作恶的四位卡欧斯（chaos）。
原来garland并没有死掉，四位卡欧斯把他送回二千年前变成邪恶卡欧斯，而他又在二千年前的过去把四位卡欧斯复活，就这样为了阻止这循环所以四位光之战士回到过去和邪恶卡欧斯决一死战，而改变了过去的光之战士也成为传说…
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剧本：寺田宪史
palamecia皇帝为了征服世界而从魔界呼出魔物，向世界各国发动攻击，而和帝国对立的反乱军的总部fynn王国也在帝国的总攻击下失去了首都，而逃往边境的小村altair。
在逃走当中，四名fynn的年青人frioniel、maria、guy、leonhart被帝**队而重伤，幸得hilda公主和白魔aria的哥哥leonhart却失纵了。
为了打对帝国，frioniel三人便加入反乱军。
在反乱军把fynn的首都夺后，竟然一道龙卷风把fynn大破坏！？也因此死了很多的人。还好得到飞龙的帮助进入龙卷风中心，原来龙卷风是帝国的战舰所造成，把皇帝打倒后阻止了帝国的野心。在众人兴奋之际，竟然传来帝国的新任皇帝的暗黑骑士登上皇位，而此人竟是leonhart！闯入帝都正当frioniel和leonhart对决之际，死去的皇帝从地狱复活，龙骑士richard为救大家而牺牲了（人称最恶的ff2，死同伴最多，所以gba版有soulrebirth）。
把地狱城的皇帝打败后，世界真正回复和平。
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剧本：寺田宪史
大陆发生了巨大变动，世界被闇黑所包围，水晶不知所纵。
小村ur的四名年轻人为了试胆而不小心跌进洞穴中（ds改为luh一人），发现了风之水晶而成为了水晶战士。
原来四名年轻人和cid都不是这个浮游大陆的人，cid说他们是在一场飞空艇灾难幸存的婴儿，为了拯救世界而往下方的世界去，原来下方世界在大灾难后已经沉到海里去，在一片茫茫大海找到一艘破难船，得到水之巫女elia的帮助解除了时间的封印，但elia也为救玩者而牺牲。
大魔导士noah有三名弟子doga、une和zande，noah死前把魔力给予doga，把梦境世界的力量给予une，把人类一样的生命给予zande，但zande认为和人类一样的生活是毫无价值的，所以就制作了一班手下，引起大地震，企图破坏光和闇的平衡。
光闇失衡产生出来了暗黑之云的意志体，水晶战士得到黑暗世界的水晶战士帮助，抑制了暗黑之云的力量，把世界回复光辉。
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剧本：时田贵司、阪口博信
baron王国由于得到飞空艇技术而强大起来，对他国作出侵略，抢夺水晶。故事中的主角暗黑骑士cecil为baron飞空艇团的队长，因为对baron王侵略一事作出质疑而被放逐到mist村，故事由此开始。
cecil和好友kain打倒了ist村后，国王给的指轮竟然引起了村中大火，失去母亲的少女引发了威力把大地震动…原来是baron王为了消灭mist村的召唤士。
baron王身边的golbez更以飞空艇团的强大火力陆续抢夺水晶，利用kain的妒忌心来操控他打倒cecil，更把cecil的青梅竹马rosa捉掉。
原本打算乘船救回rosa却遇上leviathan发生了海难，cecil和同伴失散了流落到一个他以前曾经抢夺水晶的地方ysidia的长老告诉cecil到试练之山去取圣剑。
在试练之山的墓地中cecil听到一把神秘的声音，取到了圣剑，承受着暗黑骑士的自己的攻击，终于成功成为圣骑士，声音呼叫着我的儿子啊、阻止golbez…
mysidia的村民包括长老都对cecil成为圣骑士生还归来而感到惊讶，但也相信cecil而为他打开通往baron的转移点。
原来baron王其实是水之天王kainazzo所假扮，虽然拆穿了假baron王，可是golbez已经带走了飞空艇团，而且以rosa要胁cecil取得最后的土之水晶，得到清醒过来的kain帮忙而救回rosa。
所有水晶已被夺去，从kain的口中得知原来还有地底的水晶，虽然cecil一行人努力阻止golbez的抢夺，但最后的水晶终于因为kain再次被操纵而失去。
这时候，mysidia村民的祈祷竟然浮起了古代的魔导船，利用魔导船到了第二个月亮去，从月之民fusoya得知，原来月之民是他们是火星和木星之间的星球灭亡的生还者，为了等待地球人们进化共存而制造了另一个月亮沉睡，但当中zemus不想长眠而想把地球摧毁，虽然月之民封印了他，但他却利用意念操纵golbez收集水晶，目的是启动babil之巨人把地球摧毁。
而魔导船则是fusoya的弟弟kluya制造出来，kluya和地球的女生相恋，生下了两名孩子，一名是cecil。
阻止了babil之巨人，fusoya解除了golbez的控制，原来他是cecil的哥哥！
在月球的中核打倒了zeus。
golbez决定跟fusoya和月之民沉睡，对于曾经令很多人痛苦的哥哥，cecil最后也说出了“再见了，哥哥。”
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剧本：北濑佳范、阪口博信
风之水晶破粹，风停顿了，一块巨大的陨石从天而降，butz解救了ty城的公主lenna和失忆的老人galuf，便想乘坐海贼faris的船，原来那艘船是由海龙syldra所拉着。
为了阻止其他水晶破粹，冒险渡过有怪物的运海越上旋涡，海龙syldra不知所踪，一行人漂流到船的墓场，在误打误撞的情况下发现了faris是女的…
一行人到了ウォルス、カルナック去仍然无法阻止水和火之水晶破裂，土之水晶被流砂挡着而无法进入。
在古代图书馆里找到了cid失纵了的孙子mid，原来他只是看书看得太入神…看到爷孙的场面…galuf终于记起自己不是这个世界的人，他是为了阻止自己世界的邪恶敌人exdeath破坏这个世界的水晶。
ty王利用土之水晶操纵着大战舰，原来他被exdeath操纵了，在各人危急之际galuf的孙女klulu赶及过来用魔法把ty王击倒，但仍然无法阻止exdeath把水晶破坏掉，ty王也牺牲了…他临死前记起了faris正是他掉入大海失纵的女儿，也就是lenna的姐姐。
虽然galuf和klulu已经回去了，但因为担心他们所以butz也利用陨石的残余能量去到第2世界，可是自己却被敌人抓着了，为了救他们galuf一个人冲入exdeath的城，在逃走时在大桥和gilgamesh纠缠，无法在赶及展开防护罩前进入而被弹到边境地区…幸好klulu的飞龙因为带众人回城。
exdeath真正的身份是大森林的长老之木的的枯枝，长老之木的水晶被exdeath操纵，galuf为了保护孙女klulu而牺牲了，虽然冲入exdeath城打败了他…
四人起来时已经回到ty城，贤者ghido说一千年前enuo创造出无的魔法，虽然enuo被无所吸食，为了封印无这魔法便把世界一分为二，exdeath为了解除封印所以破坏水晶把两个世界重新合并。
幸好留在古代图书馆内的封印之书解除了一千年前的武器封印，众人通过次元狭间把exdeath打败。
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剧本：北濑佳范、阪口博信
“魔大战把全部烧尽，当那战争结束时，
‘魔法’从世界上消失。
就这样过了1000年…。铁、火药、蒸气机关。人们使用机械的力量，再次使世界重新。
现在又在这里，企图以传说的‘魔法’之力和机械合体的‘魔导’之力，支配世界的野心家…。”
两名帝国士兵带着一个被操纵、天生会使用魔法的少女到炭坑去调查一只幻兽，可是少女却和幻兽发生共呜而晕倒了。
lock救回了少女tina，tina到了反抗军基地也在为自己的事苦恼，自小便被操纵的她并不明白感情。
要阻止帝国抢夺幻兽，一行人又再回到炭坑，a城附近，帝**使用毒令doma全城人死亡…lock到南figaro侦察时救了因为反对对doma城使用毒而被毒打的女将军celes。
再次还上幻兽的tina，不止产生共呜，并且变成幻兽的样子飞走了。
在zozo镇找到tina和雷公rauh说帝国把幻兽捉了并抽取魔法能量使用，为了令tina醒回来，一行人到帝国去寻找幻兽，幻兽们自愿变成魔石协助我方，原来其中一只（位）幻兽是tina的父亲maduin，他和人类的女子相恋，生下了tina，可是自己和tina不幸被皇帝捉掉，而妻子也被皇帝杀了。
解除魔兽界的魔封壁封印，一众幻兽破坏帝国，皇帝便假意和解，原来只是利用tina等人找到三斗神的石像所在。
三斗神的强大魔力令大陆浮起来，可是皇帝最终也被部下cefca杀掉，吸收了三斗神力量而暴走的cefca把世界破坏。
celes醒来后便身处一个孤岛，幸得cid的照顾（剧情一cid死了celes自杀死不了，看到cid的信找到木伐，剧情二cid回复并告诉celes木伐），celes四处寻找失败的同伴。
tina为了照顾被破坏的小村里的小孩而不想跟celes们走，可是怪物来袭令，她变成幻兽的样子吓怕了小孩，幸好最后小孩还是认出她是照顾大家的妈妈，为了小孩们，tina最后还是决定跟大家共同作战，打倒暴走的cefca。
神罗公司发展魔晃吸收星球的能量作为人民生活的能量，barret组织avalanche反抗神罗，为了引爆魔晃炉而出钱请cloud帮忙，cloud青梅竹马的好友tifa也以昔日的约定而再请求cloud的帮忙，但cloud却因为爆炸的冲力而从高处掉下，幸好落在aerith在教堂种植的花圃上而没有事。
神罗对付avalanche不惜牺牲市民把7街的支柱破坏，阻止的avalanche成员和无辜的市民成牺牲品。
aerith是古代种cetra的后代而被神罗捉拿，一众人往神罗大楼救她，神罗的目的是要cetra找出约定之地所在，因为他们认为那里有魔晃的资源。
cloud忆述以前是神罗士兵，曾经回去自己和tifa的故乡nibelhei调查关于来自太空的生物jenova，sephiroth知道自己的身体有jenova的细胞后狂性大发，在村中放火杀人，认定jenova才是自己的母亲，接下来cloud便不记得sephiroth是如何停下来。
回到nibelheim，村中竟然回复来未放火之前的样貌，而且村民也怪怪的，不记得cloud和tifa，众人到神罗大屋去调查，找到沉睡在棺木的男子vi，原来他以前是神罗调查人员turks，原来sephiroth真正的亲生母亲是当时负责jenova计划的gast博士的助手lucrecia，他因为无法阻止这实险而内疚。
sephiroth的目的是利用古代流传下来召唤巨大陨石的黑色materia，令星球产生很大的损伤，星球便会把回复的能量集中在缺口，他把能量吸收再次和jenova融合（reunion，jenova有把分裂细胞重新组合的能力），成为神的存在。
aerith为了阻止sephiroth而到古代种的祭坛去，这时cloud竟神智不清想杀掉aerith，虽然被vi阻止了，可是sephiroth却飞过来把aerith杀掉了。
众人找到以前曾经是古代种cetra ifalna的故居，在那里找到了gast和ifalna的录影带，原来jenova以前为了阻碍星球自我治疗，化身成人们亲近的人的样子（jenova的变身能力），籍此传播病毒，令很多cetra变成怪物、死去，星球当时为了封印jenova而产生了神兵（on），而aerith则是gast和ifalna的女儿，gast因为爱上了ifalna而背叛了神罗，夫妇被宝条博士所杀。
到了绝壁，原来宝条找了很多人植入jenova细胞，制作了很多sephiroth复制品，真正的sephiroth沉睡冰封着，但利用意志操纵这些复制品，而cloud也是复制品之一…cloud根本记不起自己怎样成为一级战士，而当年到nibelheiaterial交了给sephiroth。
几经辛苦终于在mideel找到失去意识的cloud。为了阻止jenova，神兵也醒过来，神罗为了对付神兵而动用魔晃大炮，在大战中，cloud和tifa不幸被卷入而掉入生命泉中，tifa在cloud的意识中鼓励他找回自己，原来nibelheim当时cloud因为没有成为一级士兵而载着面具回村，所以tifa当时根本不记得cloud，在sephiroth杀掉zax和tifa晕倒时，cloud拼死对抗sephiroth，却不幸跌入魔晃中，神智不清是因为受到魔晃影响而误把自己当成羡慕的对象zax。
rufus使用魔晃大炮对付神兵的方法失败，另一方面，宝条在魔晃都市midgar把魔晃能量供给sephiroth，原来他才是sephiroth的亲生父亲，为了研究不惜把怀有自己孩子的lucrecia提供给gast博士。
众人到北方的太空洞去，cloud最终能克服心魔，把sephiroth打倒，而死去的aerith也发动了神圣魔法的力量阻挡了陨石。
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