标志xìng的十字架终于出现了，所有人都送了一口气，而躲在安置点的平民们看到了十字架也知道了自己暂时又安全了，很快就像上次力之使徒入侵之后一样，希望市再次开始了重建，这次可以说因为雨之使徒的特殊能力，希望市和NERV本部都严重受损，最憋屈的是没有在地面城市发生战斗结果NERV建筑，民房，地下掩体都被毁于一旦，所有人都祈祷着不要在这个时候再有使徒来入侵，一旦在防守最弱的时候有使徒入侵，那么希望市的人口至少也要减少一半，虽然现在三台EVA都没有什么大的损伤，简单修复之后还是能够继续战斗，但是现在所有的NERV建筑和地下掩体都被破坏掉了，居民完全没有躲藏的地方，好在上帝还是眷顾着自己的子民，在平静中牧殇万飞蔡倩三人度过了自己的一个学期，也就是意味着在雨之使徒死亡后将近两个月没有出现使徒了，这对于大部分的居民来说是一个很好的消息，但是对于SEELE成员之一，并且了解过《死海文书》的碇来说，长时间没有出现使徒并不是一个好消息，因为光的第二次冲击过后十五年，第二使徒力才出现是因为第二次冲击是一个苏醒的信号，一个让所有使徒都知道是兑现诺言的时候的信号，而力之使徒死后不久雨之使徒就出现了，前后也不过几天的时间，主要是因为雨之使徒的特xìng让它不用花费太多的时间来汲取能量，而雨之使徒被击杀后这么久都没有新的使徒出现不外乎两种原因，第一新的使徒尚未苏醒，但是根据《死海文书》的记载每当一个使徒死亡，下一个使徒就会解除封印苏醒，所有现在使徒应该还在汲取能量，这也就是第二种可能，但是汲取了两个月的能量，新的使徒到底是什么能力需要如此之多的能量，所以碇的心头老是笼罩着一团yīn云，在一次例行的SEELE委员内部会议上，碇就要求再次增加预算来改造NERV本部和希望市的建筑，虽然有几位委员反对但最后却是以4比3通过了这项决议，但是一个月后，也就是新使徒苏醒三个月之后，新的使徒仍然没有降落临，这就更加让碇担心，再三交代一定要二十四小时保持jǐng惕，在雨之使徒被击杀后的三个月内，在全世界军工企业的齐心协力之下，在希望市的上空一共有五颗固定卫星，这些卫星的移动速度和地球自转的速度相等，所有会一直在监视希望市周边500公里内发生的所有事情，隔绝希望市与地底世界的隔离装甲也统统被加固，甚至在所有隔离装甲的两面还加上了一层最硬的合金——钛合金，这样就能够抵挡住类似与一亿吨水的冲击了，虽然不能完全挡住，但是至少能保证不会向雨之使徒侵入的时候那样直接二十三层装甲被一举摧毁，同时由于雨之使徒的侵入导致所有安装有太阳能电池板的建筑物全部被摧毁，所以为了防止断电之类的事情发生，在隔离通道的中段，也就是第十四层和第十五层之间有一部分隔离通道被改为蓄电池，平时电能就存储在这些蓄电池内，一旦外界发生战斗，不能再发电，那么这些储存在蓄电池里的电能也能拿出来使用，第一层隔离装甲也被更改为可移动式的，也就是说第一层隔离装甲可以在希望市里上升或下降，作战是能够升起来充当掩体，并且第一层隔离装甲和第二层隔离装甲之间的泥土被全部清理出去，形成了一个新的空间，这个空间又被分为几大部分，武器区，弹药区，和安置区，武器区又细分为两个部分，一部分存放常规武器，另一部分就是存放电磁轨道炮，声波炮之类的东西，甚至还有N2航空弹的发shè架，弹药区就是存放常规武器的弹药，当然还有属于非常规武器的N2航空弹，安置区就是在使徒入侵的时候充当地下掩体，来保证民众的安全。
此时的牧殇刚好和蔡倩一起晨练完准备去本部，放假后万飞依旧是早睡晚起的rì子牧殇就每天和蔡倩一起去跑跑步，锻炼一下身体，最近蔡倩的爸爸就开始调查牧殇的身份和背景，无非就是和自己的女儿走得有点近，这些事情都不敢让蔡倩知道，现在牧殇和蔡倩的关系还只是暧昧，一旦让蔡倩知道自己的父亲在调查牧殇的身份背景那就是等于再替蔡倩考虑未来丈夫的人选了，也就是挑明了牧殇和蔡倩之间的关系，
通过地面入口，牧殇和蔡倩来到了NERV本部，原本是计划驾驶二号机和三号机进行常规训练，但是牧殇换上作战服就快登上插入栓的时候，碇的命令来了，牧殇今天的训练计划被取笑，被碇叫到他的办公室，咚咚咚“请进！”牧殇在敲门得到碇的许可之后推开门走进了碇的办公室，这是牧殇第一次走进了碇的办公室，碇的办公室并不大也就几十平米而已，但是却摆了三个大书架，上面全部都是有关于第二次冲击和力之使徒雨之使徒的作战报告和作战数据，而在碇的桌子上同样充斥着大量的报告和文件，除了一张碇和唯的合影，照片中唯抱住碇的脖子显得十分幸福快乐，“碇司令，您找我有事吗？”听到牧殇的话正在看文件的碇放下文件站起来伸了一个懒腰，“人真是老了，坐久了骨头都疼死了。”碇看了看牧殇“牧殇，我带你去一个你一直想去的地方！”随后牧殇就跟着碇走出了办公室。
碇带着牧殇坐上了前往zhōng yāng教条区的电梯，由于通往zhōng yāng教条区的电梯线只有一条，并且牧殇上次曾去过毗邻zhōng yāng教条区的试验舱，于是一下子就想到了碇要带自己去那里，但是牧殇还是决定问一下，得到一个准确的回复，“碇司令，我们这是要去zhōng yāng教条区吗？”一直沉默着的碇并没有回答，牧殇不得感到一丝失望，但是碇不是不想回答，而是想事情想得太入神了，并没有听到牧殇的问题，等到碇回过神来的时候已经快到zhōng yāng教条区了，碇感觉刚才牧殇好像有问自己一个问题，自己走神了没有听到，于是问“牧殇，你刚才是不是有问我一个问题？不好意思刚才走神了。”“没关系碇司令，我就是问一下我们这是要去那？”碇笑着对牧殇说“你不是已经猜到了吗。还要问。”牧殇也只好摸摸自己的头发跟着碇笑了起来。
很快电梯就打开了，打开之后一面巨大的门挡在了碇和牧殇面前，“快进来！快进来！”牧殇不知道从那里传来的声音，“碇司令，你有听到什么奇怪的声音吗？”“嗯？奇怪的声音？没有啊？是你太紧张幻听了吧。”虽然碇的解释合情合理，但是牧殇还是坚信那个声音并不是幻听，碇走到大门面前，从胸口取出一把很奇怪的钥匙，钥匙是一个长杆形的，上面有几个突出的小片，和现在所用的钥匙完全不同，碇将钥匙插入了钥匙孔，轻轻的转动起来，两人都保持着沉默，钥匙转动的声音也隐约可以听见，咔，钥匙卡中了钥匙槽，大门缓缓的打开了，“快进来！快进来啊！”神秘的声音再次出现在牧殇的脑海中，但是牧殇并不想去询问碇，因为牧殇知道这个声音就自己能够听见，大门打开之后露出了里面的另一扇门，这扇门没有钥匙孔只有一个小小的扫描屏幕，牧殇知道这是一个指纹扫描仪，碇的食指慢慢的接近了指纹扫描仪，按上之后，指纹扫描仪散发出一道红sè的光芒，把碇的食指包住，最后红光变成蓝光，滴的一声第二道门也慢慢打开了，果然如牧殇所料，什么的声音再次出现在自己的脑海中，但是这次不再是两句话而已，变成了“进来啊！快进来啊！我的…”后面就听不清了，牧殇仍然没有表现出其他特别的反应，第二道门后还是一道们，不过这道门上面是一个小孔，碇的眼睛靠近了小孔，小孔里出现了一道绿sè的光，扫描着碇的眼睛特征，过了大约3秒后，绿光消失了，第三道门也渐渐打开了，露出了里面最后的一道门，不知为何第三道门打开之后那神秘的声音并没有出现，虽然没有出现但是牧殇却感到一丝异样，自己的身体竟然在不停的颤抖，碇转过身来很奇怪的看着浑身发抖的牧殇，“你没事吧？要不我们不去了？”既然已经到了这里，怎么能不进去看一看亚当呢，牧殇咬住颤抖的牙齿说“不，不，不，我没，没没事，我们进，进去，去吧。”第三道门上什么也没有，只有一些奇奇怪怪的花纹。
发晚了不好意思以后的剧情节奏会比较快使徒被击杀后只会有几章的过度大部分都是与使徒的战斗