熊野寺的主持拥有一本日本武功的秘籍，从不示人，一个名叫上野守直的武士千方百计想得到它。
忍者堀川奉令行动，他打听出秘籍收藏在寺内一间小建筑里，寺庙戒备森严，无法进入。于是他花了七个月的时间，挖了一条地道通到小建筑底下，这时才发现，该屋建在一块大石头上，根本无法挖通。
可熊野寺主持已经发现有人在挖地道想盗秘籍，他派人在地道口突然用火攻，将堀川活活烧死。
上野又派了另一名忍者八郎去盗秘籍。
八郎长得年轻貌美，且能歌善舞，他被当作侍童招进寺里，心术不正的僧侣将他打扮一番，当作同性恋的泄欲对象。
八郎终于引起了熊野寺主持的兴趣，两人也勾搭上了，八郎巧妙地利用副主持的嫉妒，打听出主持是是半夜躲在密室用很幽暗的灯光来读秘籍的。
一天晚上，当主持在密室幽光下读秘籍时，八郎像猫一样潜入密室，勒死主持，将秘籍收入圆筒，立时飞遁回去复命。
迫不及待的上野守直从八郎手中抢过秘籍，根本不理睬八郎向他讲述熊野寺主持在密室暗灯下阅读秘籍这一重要细节，自顾自走进房间，把秘籍从金属筒内取出，摊在阳光明亮的小桌上阅读。
奇怪的事发生了，还不等他看完第一段，整个秘籍的文字就开始褪色，这第一段讲的正是说明该秘籍是用一种一见光就消失的特殊墨汁书写的。
告诫秘籍的主人不要让它见光，否则文字会全部隐形消失。
一部具有极高价值的秘籍就这样被毁掉了，但忍者们在盗秘籍中所采取的各种非常手段却使人难以忘怀十二大陆。
由于忍者们干的大都是涉及到上层权力争斗的秘密事件，而且危险性相当大，因此他们当中一部人的结局往往十分可悲。
危险首先来自雇主。这些阴险毒辣的社会头面人物在不择手段达到自己的目的后，怕事情内幕泄露，经常可能将执行任务的忍者杀死灭口。
忍者虽然本领超人，但难免有失算的时候，有一个忍者冒着夏日的酷暑，潜入一个诸侯住宅的地板后，一动不动准备偷听诸侯内宅的密谈。但在傍晚时分，被一个卫士察觉，卫士用长矛刺穿地板，将藏匿在下面的忍者杀死。原来夏日的蚊子围着忍者叮咬，忍者虽然没有发出任何声响，但嗡嗡叫的蚊子却暴露了他的行踪。
忍者最可怕的敌人是武士。武士在明处，忍者在暗处，防不胜防，故武士最憎恨忍者，忍者一旦被武士捕获，必然受到最残酷的刑罚处死。
活剥皮就是酷刑的一种，皮肤被一片片剥下来，极其痛苦，而又不能立即死掉。所以忍者是绝对不肯让武士活捉的。这里讲述一位最富有传奇性的忍者的遭遇。
这位忍者名叫猿飞，因为他有象猿猴一样在树上攀援飞跃的本领，来去无踪；同时他徒手格斗的武功也很好，人们根本无法捕捉他。
有一次他被派去侦察住在某城堡中的一个将军，偷听到将军和一位大臣的密谈。
可当他离开城堡时被守卫发现，他立即跃上城墙，巧妙地避开了追赶的人，但当他跳落花园时，踩上了一只暗设的捕熊钢夹，将他的腿紧紧夹住。
这时将军手下的卫士围了上来，猿飞见状，一刀将夹住的腿砍断，单脚逃了很长一段距离。可终因失血过多，难以支持。
猿飞见卫士越来越近，知道自己没有希望逃脱，便索性站定、大声辱骂了追赶他的卫士，用剑毁掉自己的面容，使人无法辨认，然后挥剑砍断自己的的脖子。一个闻名遐迩的忍者就这样可悲地结束了自己的一生。
战国时代中，虽然同为大名服务，不过忍者和武士的身份分别可谓是台前和幕后，夸张的一些甚至是天上地下如忍者是家奴武士是家臣，但其实也要看具体情况而定。
忍者虽然本领超人，但执行任务中也经常有失算的时候。有一个忍者冒着夏日的酷暑，潜入一个诸侯住宅行刺。为了不发出声响他硬是用手在土中挖洞，用了十几天的时间才潜入室内的榻榻米之下。就在即将大功告成的时候，他身上的汗臭找来了苍蝇和蚊子，昆虫的嗡嗡叫声引起一个卫士的怀疑，于是卫士抽刀向下刺穿地板，将藏匿在下面的忍者杀死。
那些幸存下来的忍者当中一部分人也往往很寂寞的了却残生。
为何伊贺与甲贺的忍术如此发达呢? 伊贺与甲贺离京都跟名古屋算是很近，而且位在重山险阻围绕的封闭小盆地里，自成一个小天地。可是在战略上的位置却是十分的重要。因为靠近日本的中央近畿地带，所以受到京都的文化影响蛮深的。神社，寺院，庄园都很多。在后来庄园制度崩坏的时候，土豪们就一个个崛起。
忍者，简单的解释就是在古代日本一种受过特殊机构施以特殊忍术训练而产生出来的特战杀手、特战间谍。
其所呈现的是属于“派系组织性的单位”形态。
而这种“组织性的单位”有很多门派分布在日本各地，有官方及非官方性质的。
基本上忍者这种产物的诞生其因素完全和日本古代“战国时期”这种客观环境有很大的关系。
日本古代“战国时期”就如同早期中国的“春秋战国时期”一样，城邦分立，各自为政我的狐狸相公。
到处都是兵荒马乱和充满血腥残酷的杀戮及无情的战火。
而这些争权夺利互相斗争的诸侯及军阀们非常的迫切需要培养一批专业化的渗透部队能快速潜入敌后进行侦查、刺探、暗杀、扰乱及破坏等的间谍任务。
“忍者”就是在这样充满动乱的险恶大环境中诞生出来的。
而早期这些诸侯军阀们所培养出的“专业化渗透部队”在初期事实上并非就有雇用到“忍者”，只不过算是任何政权都必然会设置的一种官方所属的情报作战单位，类似于“间谍”。
那后来产生所谓的“忍者”与“间谍”的差别在哪呢？我们都知道，“忍术”是从中国经两国相互往来在文化上的交流而流传到日本的一种特殊修道术。
“忍术”在日本逐渐演变成许多门派分布在日本各地自成独树一格的修道派流。
忍者，原本只是一种对于“忍术修炼者”的称呼，而某些自成派系的“忍术修炼者”本身就拥有众多门下弟子。
这些“忍术修炼者”自己本身或门下弟子私底下就利用自己所习得的“忍术”培养了属于个人所拥有的“专属私人部队”，开始以企业化及军事化的经营理念方式管理，时而得受予金钱成为职业杀手雇佣兵，也时而受雇于政府单位部门执行敌后任务。
到后来因为政府单位以投资报酬率及投资风险的角度眼光去分析及评估，发现忍者的战略价值、任务效率以及忠诚度高于一般的间谍及杀手，所以“忍者”到后期就逐渐受到政府单位的重视，也因此开始有了属于政府官方的专属忍者部队。
“忍者”与“间谍”一样，都是属“特种作战层级”的组织。
但忍者不一样的地方就是除了本质学能上要受一般的间谍基本训练外，其最为不同之处在于多了一项就是“忍术”的训练。
忍者就是拥有忍术技法之特战层级的单位所培养出来的终极战士。
任务形态更为复杂，更加不单纯，比一般间谍层次更高。这就是所谓的“忍者”。
许多人印象中总以为忍者每次出任务都是以黑衣蒙面的姿态出现，其实是受到武侠小说和电影的“物像化”影响。
的确，这种黑色的衣服确实是忍者出任务时经常穿著的服饰，但也是要看任务状况而定，这种黑色的衣服也并不一定总是所谓的“忍者制服”。
事实上古代日本的老百姓在工作时也经常穿著这种黑色的工作衣，那是一种日本古代的工作衣。
而当忍者在暗夜人静时能方便执行任务上的隐秘需求，才特别穿著这种染黑的工作衣，而在工作衣上有特别的一些修改，以符合任务及作战上的需求。
而真正的忍者经常在出任务时不会像小说和电影所叙述的总是以黑衣蒙面的姿态出现，且经常化妆成各式各样的社会人士或各行各业的角色混入一般人群之中，作为自我身份的掩饰。
例如乞丐、化缘和尚、技艺杂耍表演人、路边小贩、武士、浪人、修道士、江湖郎中等等不定的角色。某些忍者跟现代的情报员、特务的形态类似或一样。
忍者通常在新月或阴天夜晚潜入敌方城楼与宅邸，如果总是全身黑色装束，轮廓反而会更显突出，因此，经常的基本装束颜色是深蓝。碰到月明星稀的夜晚，便换成灰色或是茶色装束。
上衣里头有许多口袋，放一些不能淋湿的火药、缝衣针、救急药（包括安眠药、毒药）等；腰带里头则放一些日用杂物。手套与绑腿，通常藏着一些暗器。